Впервые упоминается в грамотах XV в. как «волость Усть-Угла», находившаяся при впадении реки Углы в Шексну. В писцовых книгах XVI в. упоминается уже «село Никольское на реке Угле, а в нём церковь Никола-чудотворец». В XIX в. в некоторых источниках употребляется первоначальное название, хотя и в иной форме: с. Усть-Угольское. Своё нынешнее название Шексна получила в 1954 году, когда в связи с развитием промышленного и жилищного строительства село Никольское было переименовано в рабочий посёлок городского типа.
История
Название Шексна, как утверждают гидронимисты, происходит от древних финно-угорских слов: «шох», превратившемся в русском языке в «шек», что означает — осока, и «сна» — левый приток. В общей сложности название, видимо, должно означать «левый приток, поросший осокой». Приток Волги.
В 2000-е годы началось формирование индустриального парка «Шексна». Летом 2010 года был открыт трубопрофильный завод ТПП «Шексна». В декабре 2012 года введён в эксплуатацию биотехнологический завод.